مسجد متفاوت قطر سازه‌‌ی بزرگ غار مانندی است که حکاکی آیه‌های قرآن در ابعاد بزرگ بر روی سقف این سازه، خودنمایی می‌کنند. همچنین این سقف بلند ، دارای صدها نقطه‌ی کوچک و درخشان است که ستاره‌های چشمک زن آسمان شب را کپی کرده و توسط نور برق روشن میگردند . این سازه با بخش‌های داخلی و حیاط بیرونی، در کل توانایی میزبانی ۱۸۰۰ نمازگزار را داراست. مناره‌های متفاوت این مسجد به شکل ۹۰ درجه تاخورده و رو به سوی شهر مکّه قرار گرفته‌اند. خطاطی‌هایی با مضمون آیات قرآنی هر گوشه از این مسجد را آراسته‌اند، از بام تا ستون‌های زیرین؛ کاشی‌های سرامیک و پنجره‌های شیشه‌ای، همگی نقش و نگاری بر خود دارند. محل نمازخانه‌ی مردان در طبقه اول این سازه قرار گرفته است؛ ضمن آنکه یک کتابخانه‌ی بزرگ و محراب طلایی نیز در این قسمت واقع شده که با آیه از قرآن پوشیده گشته است .
نمازخانه‌ی بانوان هم در طبقه‌ی دوم قرار گرفته و با بخشی برای جمع شدن نمازگزاران تکمیل شده است. این بخش به وسیله‌ی دیواری بلند از نمازخانه‌ی اصلی مجزا و زمینه‌ی جدا شدن نمازگزاران زن و مرد را از یکدیگر فراهم نموده است. نمادهای دین اسلام در ساخت و فضاسازی این بنا به کار گرفته شده اند. مسجد دانشگاه مطالعات اسلامی بر پنج ستون بزرگ و مستحکم استوار شده . این پنج ستون به صورت ضمنی به اصول دین اسلام اشاره دارند. به علاوه در بخش زیرین این بنا ۴ رود جاری است که در ادامه و در فضای سبز و باغ‌های اطراف مسجد جریان یافته و نماد نهرهای شیر، آب، عسل و شرابی!! است که در قرآن به بهشتیان وعده داده شده است!
این مسجد سال گذشته در را بر روی مسلمین گشوده و افتتاح گشته است.
